Cet article s'inscrit dans un travail de modélisation des connaissances pour effectuer un diagnostic automatique des erreurs dans une situation expérimentale en biologie. Les connaissances en jeu concernent le métabolisme de la fermentation alcoolique. Le cadre théorique utilisé est celui de la Théorie Anthropologique du Didactique. Nous proposons un modèle de pré-structuration de protocole afin qu'il puisse être implémenté dans une plate-forme informatique de conception de protocoles expérimentaux, LabBook. La pré-structuration s'appuie sur une analyse épistémologique des connaissances et des difficultés relatives aux concepts liés à la fermentation alcoolique. Notre modélisation sera par la suite testée en classe de TS, afin d'anticiper un diagnostic des erreurs, qui sera réalisé dans un deuxième temps.